B.U.G.S. 98 är ett enkelt spel. Det enda du skall göra är att skjuta ner alla de rymdvarelser som myllrar fram över skärmen. Tryck på mellanslag för att starta spelet. För att styra ditt eget rymdskepp använder du de fyra piltangenterna, och för att skjuta använd du mellanslag. Med Alt-tangenten kan du förse ditt rymdskepp med en sköld för korta ögonblick och med Ctrl avfyrar du raketer.
    Raketerna måste emellertid hämtas upp för att kunna användas igen. De aktiveras när du skjuter på de angripande rymdskeppen, och sedan är du tvungen att flyga över dem för att hämta upp dem igen.
    När du har skjutit ner det sista rymdskeppet i ett angrepp måste du flyga till skärmens överkant för att komma vidare till nästa angreppsvåg.
    Om spelet blir för hektiskt kan du använda p för att ta en paus. Trycker du på Quit avslutar du spelet om du sedan bekräftar med Yes.